Chemikálie, kity na kontrolu DNA, klastrovanie a sekvenáciu

Funkčná špecifikácia

1. PhiX Control v3 1 ks, prípadne plnohodnotný ekvivalent slúžiaci ako interná kontrola kvality priebehu klastrovania, sekvenovania a zarovnávania sekvencií.; Knižnica je pripravená z malého a dobre známeho PhiX fágového genómu. Knižnica musí byť kompatibilná pre NGS sekvenovanie na prístroji HiSeq.; 2. Kapa Library Quantification Kit – Illumina/ROX Low 1 ks, prípadne plnohodnotný ekvivalent,; obsahujúci všetky reagencie potrebné ku presnej, spoľahlivej a reprodukovateľnej kvantifikácii knižníc určených na sekvenovanie ešte pred ich samotným zmiešaním.; Kvantifikácia knižníc je založená na qPCR s využitím farbičky SYBR Green. Polymeráza nachádzajúca sa v kite je schopná amplifikovať AT a GC bohaté DNA fragmenty s rôznou dĺžkou s rovnakou účinnosťou.; Kit je určený na kvantifikáciu knižníc pripravených pomocou reagencií od firmy Illumina a sekvenované na prístroji Hiseq, zároveň musí byť kompatibilný s Applied Biosystems® 7500 „Real-Time“ PCR systémom. ; Kit obsahuje dostatok reagencií na prípravu 500 PCR reakcií pričom každá z nich má výsledný objem 20 µl.; 3. TruSeq Nano DNA LT Library Preparation Kit set B 1 ks, prípadne plnohodnotný ekvivalent slúžiaci na prípravu knižníc z nízkeho vstupného množstva DNA (v rozmedzí 100-200 ng) kompatibilných pre NGS sekvenovanie na prístrojoch MiSeq a HiSeq.; Kit obsahuje guličky, ktorými môžeme vyselektovať DNA určitej dĺžky („Size-selection beads“).1 kit je určený na prípravu 24 knižníc určených na sekvenovanie. Musí obsahovať odlišné indexi ako TruSeq Nano DNA LT Library Preparation Kit set A.; 4. HiSeq® Rapid SR Cluster Kit v2 1ks, prípadne plnohodnotný ekvivalent umožňujúci klastrovanie vykonať priamo na prístroji HiSeq, čo má za následok výrazné zefektívnenie tohto procesu.; Kit je špeciálne dizajnovaný na tvorbu klastrov počas tzv. „ Rapid run“ na prístroji HiSeq 1500 a 2500. Kit musí byť kompatibilný pre tvorbu klastrov na prístroji HiSeq a zároveň s kitom HiSeq® Rapid SBS Kit v2 – HS (50 cyklov).; 5. HiSeq® Rapid SBS Kit v2 – HS (50 cyklov) 1 ks, prípadne plnohodnotný ekvivalent určený na sekvenáciu knižníc na prístroji HiSeq v tzv. „Rapid run“.; Kit obsahuje dostatočné množstvá reagencií potrebných na sekvenáciu 1 „flow cell“ počas minimálne 50 cyklov. Kit musí byť kompatibilný s kitom na prípravu klastrov HiSeq® Rapid SR Cluster Kit v2.; 6. Qubit Assays Tubes 1 bal. – (1 balenie - 500 ks), alebo plnohodnotý ekvivalent - mikroskúmavky s objemom 500 µl vyrobené z tenkostenného polypropylénového materiálu vhodné na použitie pre Qubit Fluorometer.; 7. Qubit dsDNA HS Assay Kit 1 bal. – (1 balenie - 500 reakcií), alebo plnohodnotný ekvivalent - kit na vysoko selektívne stanovenie koncentrácie dsDNA v rozsahu od 10pg/µl do 100ng/µl použitím prístroja Qubit Fluorometer, ; obsahuje koncentrované reagencie potrebné na stanovenie koncentrácie, rozpúšťací roztok, prednariedené štandardy DNA.; 8. Hydroxid sodný (bezvodý) 1 bal. (25g) vo forme granúl na laboratórne účely s čistotou nad 99%. ; 9. Tween 20 1ks (500ml), alebo plnohodnotný ekvivalent pre uvedené použitie. Viskózna tekutina používaná v biochemických aplikáciách ako detergent. Určený ako prímes do premývacieho roztoku pre sekvenátory od firmy Illumina.; 10. ProClin 300 1ks (50ml), alebo plnohodnotný ekvialent pre uvedené použitie. Tekutina s biocídnym účinkom založeným na schopnosti inhibovať enzýmy bunkového dýchania. Určený ako prímes do premývacieho roztoku pre sekvenátory od firmy Illumina.; 11. Kim Wipes 5 bal. (1 balenie- 280ks), alebo plnohodnotný ekvivalent pre uvedené použitie. Jemné obrúsky určené na laboratórne účely.; 12. ABgene Storage Plate 1 bal. (1 balenie-50ks), alebo plnohodnotný ekvivalent . Platnička s 96 jamkami, každá s objemom 0,8ml. Transparentné bez zafarbenia.; 13. High Sensitivity DNA Kit 1 bal. (1 balenie - 110 vzoriek), alebo plnohodnotný ekvivalent- kit na analýzu fragmentovanej DNA alebo DNA knižníc už od 100 pg/µL. ; Kit je charakteristický vysokou senzitivitou reakcie pri vzorkách totálnej DNA (už od 5 pg/µl). Umožňuje detekciu PCR produktov s nízkou abundanciou.; Taktiež zabezpečuje kvantifikáciu jednotlivých DNA fragmentov a dokáže určiť veľkosť analyzovaného produktu. Ďalšou výhodou kitu je použitie minimálneho množstva vzorky, nakoľko je na analýzu potrebný len 1 µl. Kompatibilný s 2100 Bioanalyzer.; 14. LoBind Eppendorf microcentrifuge tubes 5 bal (500ks), alebo plnohodnotný ekvivalent- objem skúmavky 1,5 ml. Bez prítomnosti DNA, RNA, DNáz a RNáz a ATP. Vysoký stupeň transparentnosti. Maximálne otáčky 18000xg. Nezmáčavý povrch.; 15. Magnetický stojan DynaMag2 1ks, alebo plnohodnotný ekvivalent. Určený na efektívnu separáciu pomocou magnetických guličiek. Určený na separáciu v 1,5 ml – 2 ml mikroskúmavkách (počet skúmaviek počas 1 separácie – 16ks).

Technická špecifikácia textová

Technická špecifikácia číselná

Technické vlastnosti: PhiX Control v3, Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: Kapa Library Quantification Kit – Illumina/ROX Low, Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: TruSeq Nano DNA LT Library Preparation Kit set B, Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: HiSeq® Rapid SR Cluster Kit v2, Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: Qubit Assays Tubes, Jednotka: balenie (500ks), Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: Qubit dsDNA HS Assay Kit, Jednotka: balenie (500 reakcií), Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: Hydroxid sodný (bezvodý), Jednotka: balenie (25g), Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: Tween 20, Jednotka: ks (500ml), Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: ProClin 300 , Jednotka: ks (50ml), Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: Kim Wipes, Jednotka: balenie (280ks), Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 5; Technické vlastnosti: ABgene Storage Plate, Jednotka: balenie (50ks), Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: High Sensitivity DNA Kit, Jednotka: balenie (110 vzoriek), Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: LoBind Eppendorf microcentrifuge tubes , Jednotka: balenie (500ks), Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 5; Technické vlastnosti: Magnetický stojan DynaMag2, Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1